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舞臺：大阪&京都，正在錄製"皐月杯"百人一首記者會的大阪地標·日賣電視臺突然發生爆炸，千鈞一髮之際，急忙趕來的柯南救出了被困在崩塌大樓中的平次與和葉，而另一側，"皐月杯"冠軍在京都屋內遭人殺害，監控器裡所顯示出的是—紅葉...原作中的重要角色，百人一首高中生冠軍，自稱"平次未婚妻"的大岡紅葉，將首次在劇場版中登場，新一和小蘭的關係也將發生變化.......

一個月黑風高的晚上，某個間諜趁隙滲透日本警方，欲竊取各國情報局的機密檔案，包括英國 MI6、德國 BDN、美國 CIA，甚至還有 FBI 等各國諜報機構。幸好安室透(波本)領導的日本公安局及時趕到，間諜想利用偷來的車逃脫，於高速公路上展開激烈追逐戰，其他的車輛也被捲入，千鈞一發之際，卻被FBI探員赤井秀一的來福槍擊中，從公路墜下懸崖。 隔天，柯南一行人前往東京的一間水族館，意外發現一名受傷的女子。她的雙眼有著不同的顏色，仔細一看她的兩隻眼睛的瞳孔顏色不一樣，也就是俗稱的“陰陽眼” ，且失去了記憶...

梵谷名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。在紐約拍賣會現場，全世界的大富豪匯集一堂，競拍《向日葵》。鈴木次郎吉以遠高於他人出價的3億美金將此畫拍下，他的目的是集齊散落在世界各地的7幅《向日葵》，以此能在日本舉辦史無前例的大規模展會。這則夢幻大新聞向全世界播出，柯南與灰原也津津有味的看著轉播。當正要徵集專門保護《向日葵》的護衛隊「七大武士」的時候，怪盜基德突然出現，留下了「一定會將此畫奪走」的宣戰預告。明明只偷大型寶石的基德為什麼會對名畫下手？就在此時，在...

以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都...

海外超人氣偶像艾米里歐前往日本舉行演唱會，但他卻收到一封來自神秘組織的黑函，要求他停止演唱會，否則就會喪命。艾米里歐求救於毛利小五郎時，柯南也發現魯邦一夥計畫在艾米里歐演唱會的當日竊取秘寶：櫻桃藍寶石。 演唱會當日，五萬人雲集東都體育場，少年偵探團的小夥伴們也參與盛會，柯南與灰原哀潛行其中，尋找櫻桃藍寶石交易的嫌疑人。而魯邦、警方懷著各自的目的暗中展開行動。霎時間，偵探、盜賊、員警以及某神秘組織在喧囂吵鬧的運動場進行激烈的角力。 柯南認為，對超人氣偶像的恐嚇、夢幻秘寶的盜竊事件、逼近身邊的神...

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展...

11月20日（週日），東都體育場。江戶川柯南和少年偵探團等在興致勃勃地觀看東京Spirits隊與大阪鋼巴隊的足球比賽。與此同時，毛利偵探事務所的電話突然響起，是大規模爆炸的預告電話！這並不是遊戲，也絕非虛張聲勢。就像對小五郎的挑釁一樣，道路上的汽車就在他眼前發生了爆炸！要阻止接下來的爆炸只有一個辦法，就是解開犯人留下的謎樣的暗號！...

朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裡聚集了許...

兩年前，10歲的天才少年澤田弘樹在完成人工智慧後墜樓身亡。兩年後的某一天，眾多政商名流來到米花市政大樓。這裡正在舉行能夠一舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲機「繭」的發表會。他們的子女全都受邀參加。玩家可透過這個遊戲，進入虛擬世界中，體驗實地遊玩遊戲的快感。結合最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入一部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦操作讓遊戲者沉睡於歷史上曾經發生過事件的年代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。 柯南、灰原及少年偵探團成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差...

鈴木財團的顧問——鈴木次郎吉，終於完成了世界最大的飛行船「BELL TREE（「鈴木」之意）I世號」。這其實是他為了緝捕自認是競爭對手的怪盜基德，所安排的一場大規模計畫。他對怪盜基德下的戰帖是:「七天後，『BELL TREE I世號』將從東京出發到大阪，有本事就來把『天空的貴婦人』這顆大寶石給偷走吧。」 對於次郎吉的這項挑戰，基德也大膽地回覆「等抵達大阪上空後就會偷走」，這場以天空為舞台的對決也受到了世人的矚目。同時次郎吉也招待了名偵探毛利小五郎、毛利蘭、柯南、阿笠博士及少年偵探團的成員們搭乘...

在維斯巴尼亞王國，薩克拉女王死於獵槍走火事故，而王國的吉爾王子，因母親由於自己的獵槍走火死亡而過度自責，最後以手槍自殺身亡。慘劇的消息迅速傳播，轟動各國新聞界，當然，也傳到了江戶川柯南和魯邦三世耳裏……女王及王子的死，使蜜拉公主將繼承王位成為下屆女王。當蜜拉女王到日本訪問時，她遇見和她十分相似的蘭。蜜拉希望自由地玩一次，而蘭想一嘗當公主的滋味，因此她們換了衣著，但基斯伯爵不公布公主失蹤的消息，並把蘭帶回國，而柯南亦偷偷地跟隨蘭上機……這個時候，魯邦準備向「女王皇冠」下手。慘劇背後隱藏著怎樣的秘密...

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝著柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前...

故事講述柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安妮·邦尼」、「瑪麗·瑞德」所遺留下來的寶藏傳說。...

6件大範圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。目暮警官以及曾在動畫版出現過的其他警察集合召開搜查會議，小五郎也以特別顧問的身份被邀請前去參加。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，並乘上了保時捷356A-琴酒的車離去！！「黑暗組織」的一員居然潛入了搜查會議，連續殺人事件莫非是「黑暗組織」做下的邪惡勾當？事態一觸即發！！如果讓琴酒知道工藤新一仍然活著，那麼不只新一本人、只要是認識他的所有人也都會被組織極力剷除。所以在明知危機四伏的情況下，柯南仍然開始單獨進行調查，慢慢發現有關...

與毛利小五郎有關係的人逐個遭到不明兇徒的襲擊。兇徒襲擊後都會留下一張撲克牌，而被認為與曾任荷官且被毛利逮捕的村上丈有關，但這只是兇手的圈套。...

在神秘委託者的招待下，小五郎與柯南一行人來到了橫濱。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走成為了人質。追查著怪盜基德的「高中偵探始祖」白馬探，也接到了神秘男子的委託。這些偵探們將與柯南一同挑戰謎題。但是...

15年前，貨輪「第一八代丸」在北太平洋海上撞上冰山發生沉沒事故。沖田船長與三等航海士2人身亡。且在半個月前，八代造船的的船舶設計人八代英人在駕駛時心臟病發，墜落懸崖身亡。不同年代的2個事件，是將豪華客船的乘務員與乘客捲入巨大陰謀的序章。 由於園子的邀請，柯南一行人受邀參與豪華客船「愛芙羅黛蒂號」的處女航儀式。一行人開心的參觀郵輪。一行人開始在船內玩起捉迷藏。可是在捉迷藏進行中時，園子突然被人綁架監禁了起來。透過柯南的推理，平安地救出了園子。但這次，八代造船的社長——八代貴江被人刺殺，會長八代延...

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裡錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裡，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。江戶川柯南除了要防止怪盜基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底江戶川柯南要怎...

小五郎應京都寺院的邀請，前往京都調查寺內八年前佛像盜竊事件。寺院早前得到佛像下落的線索，是一件有不同圖案的圖畫，提供給小五郎，以便儘快尋回佛像。同時間，東京、大阪和京都發生殺人事件，三個城市的警方調查後，發現事件中的死者都是盜賊團「源氏螢」的成員，毎人都有一個代名，以《義經》內的傳統人物命名。服部亦因此事，前往京都調查殺人事件的真相。期間遇上柯南，兩人一起調查兩宗事件，發現兩宗事件都有共同點，有助解開八年前佛像盜竊事件。在調查期間亦發生殺人案，服部因此而受襲，和葉亦因查找施襲者線索而被人挾持。...